質譜學重點技術平台整合校內質譜儀，成為一個橫跨各單位之聯合技術平台。本平台補足蛋白質體、代謝質體分析不足之部分，提高靈敏定性定量蛋白質體質譜分析之尖端技術，建立蛋白質體學研究上具有極高的應用價值分析，提供著重於生物醫學檢體的生化分析與鑑定，特別是蛋白質體與代謝質體的方法開發與服務。此部分應用於各生命科學領域，剖析整體或是特定蛋白群組的表現差異、轉譯後修飾與交互作用，以及代謝途徑的差異。並可用於癌症標的和藥物開發等相關研究上。本平台對所有的帶測樣品，採取完善的分流方式，根據樣品的種類及送測者的需求，同時考量各機器的樣品負荷量，由平台進行分流，提升實驗數據的精準度。

鑒於蛋白質體學研究在國內雖受學術界重視，但擁有蛋白質體分析操作技術單位並不普及，為協助有興趣從事蛋白質體學的研究人員善用本平台服務，平台亦定期舉辦「蛋白質體分析、代謝質體分析」的技術訓練課程（包含蛋白質萃取、酵素消化、同位素標定等樣品前處理訓練），以提升平台效益。

A級-進階研究

Orbitrap Fusion Lumos

B級-進階服務

Autoflex Speed MALDI-TOF

C級-基本服務

Agilent 7700 ICP-MS

microTOF-QII